Conservando el nombre del protagonista y su relación con los dragones, la segunda parte de Breath of Fire sigue la estela de juegos como Final Fantasy, en la que cada historia es diferente pese a que sean la misma serie. Aquí, Ryu debe encontrar a su padre y a su hermana pequeña como parte de una trama que incluye a una oscura religión que no tiene reparos en manipular a sus creyentes.