Pensado como una secuela del clásico Shinobi de recreativa, Cyber Shinobi sitúa la acción en un futuro lejano, pero con el mismo Joe Musashi como protagonista, en una nueva lucha contra los Zeed, que ahora amenazan al mundo con un ataque termonuclear. La mecánica d juego sigue siendo parecida, pudiendo utilizar golpes, armas ninjas y poderes especiales para acabar con los enemigos,